Как осуществить конвертацию FAT16 в FAT32?

Для этого есть PowerQuest'овская утилита Partition Magic версия 4.0. Позволяет преобразовывать FAT16 в FAT32, NTFS и др. форматы.

Также можно использовать Microsoft'овскую утилиту CVT.EXE. Работает только с OSR2 или выше. Настоятельно рекомендую провести проверку диска scandisk'ом и дефрагментацию перед применением CVT.EXE.